Основан шведским королём Густавом Ваза в 1550 году. По его указу несколько сот жителей города Порвоо обосновались на территории нынешнего городского района Арабиа. 12 июня, день подписания указа, считается днём рождения города.

Однако оказалось, что место было выбрано неудачно — гавань была слишком мелкой, и в результате город был перенесён в район нынешней Кауппатори (Рыночной площади).

Вплоть до середины XVIII века Хельсинки оставался небольшим, сплошь деревянным городом, здесь нередко вспыхивали эпидемии чумы. В 1748 году на островах близ Хельсинки шведами было начато строительство крепости Свеаборг (фин. Суоменлинна), призванной защитить город с моря. В результате начался рост города; появляются первые каменные дома. Однако столицей шведской Финляндии оставался Турку.

На финском языке город официально назывался Хельсинки ещё с момента основания (1550 год); по-шведски он по-прежнему официально называется Гельсингфорс. Во всех остальных языках, включая русский, употреблялось шведское название Гельсингфорс, до того как Финляндия стала независимой (6 декабря 1917 года), однако после этого стало употребляться финское название Хельсинки. На советских картах 20-х — начала 30-х годов встречалось искажённое название — Гельсинки (оно же употребляется в современном украинском языке).